各人好，明天我们为各人引见的是一种单份子测序手艺——tSMS（true single molecular sequencing），文章我们将分为高低两期，（上）讲汗青，（下）谈手艺与市场远景阐发。
至于文章选题的目标，次要是真迈生物单份子基因测序仪GenoCare1600正处于上市打击阶段，在它正式获批上市前，我们先同各人一同“寻根问源”、“憧憬将来”。
明天的“寻根问源”部门我们次要讲到4家公司，Helicos Biosciences、SeqLL、瀚海基因（Direct Genomics）和真迈生物（GeneMind），这四家公司有甚么汗青渊源呢？
Helicos于2007年5月24日在纳斯达克胜利上市，股票代码为“HLCS”，其刊行价为每股9美圆，AG电投厅最新但买卖首日就惨遭破发，下跌5.6%，开盘于8.5美圆。
上图就是Helicos从2007年5月24号上市到2010年11月16号中断挂牌的股价走势，2008年1月16日到达了汗青最高点18.6美圆/股以后股价猖獗下跌至1～2美圆区间，中断挂牌收于0.45美圆/股。
HeliScope测序仪装备了双芯片平台，一次运转可撑持2张Flowcell同时上机。每张Flowcell具有25条物理隔绝的lane（芯全面积约为4cm×4cm）,同期间的illumina GA和ABI SOLID的Flowcell各有8条lane或section。在测序机能参数方面，HeliScope将供给大于28个bp单端测序（其测序道理决议了非等长Read），按照使用差别每小时可发生25～90Mb数据，我们按25Mb/小时计较，机械一次运转2周可发生7.5Gb/Flowcell，1.8万美圆的试剂本钱，相称于2400美圆/Gb，在测序准确度上，体系团体测序毛病率为5%（此中单碱基交换毛病为0.5%）,而同期的GA为1.5%，SOLID颠末体系改正仅为0.06%。
从机能参数和测序本钱来看，Heliscope与同期间的GA和SOLID并没有劣势，以至在测序准确度上有较着差异，（同期的Roche 454 GS FLX则是小通量(100Mb/Run)快速率（6小时)长读长(250～300bp)高本钱(100000美圆/Gb）)，但GA和SOLID的仪器官方售价却只要43万和59.1万美金，HeliScope整整比同档合作敌手贵了2～3倍，云云昂扬的售价和未经市场考证的检测劣势使得市场关于Helicos的自信心严峻受挫。
第一,简朴快速的样本处置流程（文库构建），与同期间的GA（2天）和SOLID（7天）比拟，Helicos因无需PCR扩增环节，全部样本处置流程无望在几个小时内完成，在节流工夫和人力本钱（Sample Prep Labor）的同时，也大大低落了样本处置所需的试剂本钱（Sample Prep Reagent）。
第二，一样因无需PCR扩增（PCR Bias/error），而带来更实在的基因组信息，且可间接停止RNA测序，无需反转录。
下图是Helicos 2008年9月份在UBS环球性命科技大会上PPT内容，我们拔取此中一页（HeliScope VS GA）展现给各人。
但是工作没有向他们意料标的目的开展，驱逐他们的是长达6个月的定单荒，我没法设想这关于Helicos意味着甚么，10月7日，汗青上第二台HeliScope从剑桥市动身横穿美洲来到了斯坦福大学。完整低于预期的贩卖情况加上昂扬的研发和运营本钱，让Helicos决议停止裁人30%以削减收入（114人→70+人）。2008年年底，Helicos以向Board研讨所免费投放1台测序仪供其利用，为HeliScope首发之年划上了句号。
总结一下Helicos的2008，80.8万美圆的总营收，此中产物支出仅为3.6万美圆（08Q4确认第一笔测序试剂支出），吃亏4570万美圆，而更使人懊丧的是因未到达商定的机能请求，EA退回了3月份购置的首台HeliScope，斯坦福大学购置第二台HeliScope未在08年完成支出确认。而此时illumina也颁布发表了其GAII环球的装置量曾经打破了200台，成了环球基因组研讨中间的首选产物。
2009年1月J.P.Morgan Healthcare大会，Helicos下调了产物售价（75折），“只卖”99.9万美圆/台，同时它声称得到了来自马里兰州立大学的第三个定单，仪器机能方面，均匀读长仍为33bp，数据产出服从从25Mb/小时进步到了140Mb/小时，仪器运转8天可发生约33Gb数据量，试剂本钱降落到750美圆/Gb。但理想老是暴虐的，Helicos的两个合作敌手 illumina 和ABI SOLID的产物优化、晋级速率像坐上了火箭，此中GA II X的测序读长更是到达了PE75，这让Helicos的勤奋黯然失容。
2月份的Helicos又开启了投放形式，此次将一台机械送到了Dana-Farber癌症研讨所（免费投放6个月），单方协议将在这台HeliScope上完成600个样本（DGE、Chip-seq）的测序事情，随后Helicos终究迎来了一系列的汗青性时辰（09年归纳综合）
2009年第一季度完成了第一台HeliScope测序体系的支出确认，82.9万美圆（来自Quake地点的斯坦福大学）。
2009年8月，Quake利用HeliScope完成了本人的全基因组测序，这是环球第9个基于高通量平台完成的人全基因组测序，同时是第一个利用单份子测序平台完成的人全基因组测序。（4个run｜28X｜基因组笼盖率90%｜试剂费本钱4.8万美圆，同期illumina WGS
9月，Helicos初次公布间接RNA测序考证实验成果（酿酒酵母）,体系测序毛病率为4%（只需由del惹起的，inser在1～2%，单碱基交换在0.1～0.3%）
09年Helicos完成230万美圆的贩卖额，并得到了10个贩卖定单（4台来自于日本RIKEN，这多是RIKEN今朝最不情愿回想的一次大范围装备采购），此中两台装备完成了支出确认。
2010年的Helicos初年不顺，一季度“颗粒无收”，唯一的56.9万美圆支出中商品支出仅4.2万美圆（测序试剂），对此，Helicos决计停止计谋转型，转型第一步，裁人50%（70+→40人），转型第二步，专注于特定范畴的市场，比方肿瘤与遗传病范畴，他们前期将太多精神投入到现有产物的机能晋级大概说“武备比赛”上，但是究竟证实面临坐在火箭上的illumina和ABI SOLID，他们的牛车明显是“标的目的不合错误”，Helicos决议发掘其现有手艺平台最合适的临床使用，与敌手搞差同化合作。
为此，Helicos方案成立属于本人的CLIA认证的临床检测尝试室，开辟如NIPT和BRCA1/2基因检测效劳，此时Helicos开端从一家测序仪消费商向一家基于自有平台供给临床检测效劳的效劳商转型。不外很快Helicos的新费事又来了，2010年的6月28日公司收到了来自纳斯达克市场办理部的退市告诉书（因Helicos不契合纳斯达克环球本钱市场上市的最低前提，其市值曾经持续30个事情日低于5000万美圆），告诉书的脱期日为180天，如2010年12月27日前仍未到达纳斯达克环球本钱市场最低上市尺度，“HLCS”将退市。终极无法复生的Helicos挑选在11月16日完毕它的纳斯达克之旅，（退市时，Helicos每股跌至0.45美圆，唯一180万美圆的现金大概现金等价物）
退市后的Helicos的主要使命酿成了“活下去”，为此他们再次作出计谋调解，调解第一步裁人15人,（40人→25人）。调解第二步，打消自建CLIA尝试室方案，并且公司将重点聚焦在科学研讨和“常识产权货泉化”上（Helicos从晚期投资者那边得到了最高合计400万美圆的过桥以便持续保持运营）
2011年3月，Helicos颁布发表截至仪器消费，2009年和2010年完成了2台和1台HeliScope测序体系的支出确认，2011年8月，Helicos开辟了一种一步捕捉测序办法用来检测BRCA1/2基因突变（这类一步捕捉法也避开了昔时Myriad的BRCA1/2的专利）。为了集合资金完成该手艺优化，Helicos再次裁人（15人→10人），随后心天真念且醉心于科研和“常识产权货泉化”的Helicos决计与三家公司“背注一掷”。
2012年4月，Helicos向Sequenom出卖相干专利并得到130万美圆专利答应费，Sequenom期望经由过程不竭收买NIPT相干专利来进一步稳固专利护城河，其时它手里曾经握有NIPT中心专利US6,258,540，而本次购置的专利则触及利用单份子测序手艺经由过程SBS大概穿孔测序的方法停止NIPT检测。
2012年，正处于新品推行枢纽期的Pacbio明显跟Helicos耗不起了，终极单方告竣息争，PacBio付出56万美圆息争费并得到部门专利的非排他性受权。云云以来Helicos目的还剩Life和illumina。
但是很快Helicos与Life也告竣了息争，缘故原由Life早在2011年就曾经颁布发表截至量子点测序手艺的贸易化方案，用心做好刚收买的ion Torrent，单方商定相互撤诉，自傲用度。
2012年8月，Helicos将7项专利非排他性的受权给了intelligent Bio-System（IBS，后续被Qiagen收买）公司，得到160万美圆的专利答应用度。
最初，关于illumina3项侵权诉讼，Helicos自行撤诉2项，而最初1项也被法院断定专利无效，自此Helicos诉讼P、I、L的专利大战正式闭幕。
2012年11月Helicos向法院申请停业（资产350万，现金140万，1550万欠债），illumina（180万美圆）、Life（75万美圆）、Fluidigm（100万美圆）、CompleteGenomics（30万美圆）闻讯赶来，在Helicos的“清仓特卖会”上选走了本人心仪的商品（专利）。（括号中的数字为各家付出给Helicos的专利答应用度）
在Helicos的“清仓特卖会”上，名不见经传的公司员工Dan Jones（公司的一位FAS）买下了部门公司财富（10几台HeliScope测序仪、库存试剂等）并得到非排他专利答应以期持续为Helicos的客户供给效劳。
2013年，Jones在马萨诸塞州沃本市建立了SeqLL，SeqLL共有6台HeliScope可一般运转并用于供给测序效劳。Jones大白，Helicos与illumina和Life险些同时进入市场，他们出发点附近（～30bp读长、一样的数据产量和数据产出服从），而现在它曾经没法再与这些测序巨子间接对立，但SeqLL带来了晋级版的HeliScope（下图所示），新版的HeliScope体积大大减少，它将聚焦特定与其手艺机能符合的使用范畴——基于Read Count（测序条数计数）来做定量研讨的使用，如NIPT、CNV-seq、PGS大概样素质量较差或投入量少的使用如FFPE、单细胞样本等。
同时，SeqLL暗示关于中国的一家名为“瀚海基因”的公司连续存眷，Jones以为二者为间接合作干系，它们都得到了基于Helicos tSMS手艺的专利受权并各自开辟了最新的tSMS测序体系，下图为SeqLL公司官网展现的新款Heliscope的机能参数，我们从图中能够看到该机械仍重约455kg，平台测序读长与昔时的HeliScope并没有提拔（20～55bp，均匀35bp），每张Flowcell可发生10.5～17.5Gb数据量（揣度测序工夫为10～18小时）。
深圳市瀚海基因生物科技有限公司建立于2014年，开创人贺建奎（Helicos 开创人Stephen Quake尝试室的博士后）颁布发表公司基于Helicos tSMS手艺研发的单份子测序仪—Genocare1600将方案推向中国临床诊断市场，专注于NIPT等临床检测范畴。
2019年“深圳市瀚海基因生物科技有限公司”更名为“深圳市真迈生物科技有限公司”，颠末“真迈生物”几年的勤奋，今朝该单份子测序体系GenoCare1600曾经完成临床实验，进入上市审批阶段。
到这里，我们的上篇“寻根问源”的内容就局部完毕了，下篇我们将为各人引见Helicos 与真迈生物的tSMS手艺道理和中心使用，并对其市场远景停止阐发解读，感谢各人浏览。
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